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El Atari ST es la alternativa de Atari para el mercado de 16 bits. El sistema operativo se puede dividir entre TOS (encargado del acceso a disco; inicialmente se carga de disco y a los 6 meses se incorpora en ROM) y GEM (entorno gráfico de Digital Reseach). Su paleta de colores, aunque inferior a la del Amiga, es suficiente para desarrollar buenos juegos. Por ello se implementa el modulador TV ( designado por una M en el nombre ) y la unidad de disco integrada ( designada por una F) para acercarlo al mercado doméstico, donde compite con el Amiga y la Sega Megadrive
El hard se optimiza de modo que los emuladores Mac logran, con la misma CPU, mejores rendimientos que el equipo emulado, por lo que logra entrar en el mercado de autoedición (controlado casi en exclusiva por los Mac). La presencia de serie del puerto MIDI, pese a equipar un chip de sonido ya superado, hace que se adueñe del mercado de música profesional. Es frecuente ver ST en los conciertos de los grupos controlando baterías de teclados ( como Mecano ) y en los estudios de grabación, puesto que hasta el advenimiento de la cuarta generación de tarjetas de sonido en el PC (Sound Blaster 1024 y superiores) conserva intacto.
Cuando en el Metro de Madrid se comienzan a instalar maquinas creadoras de tarjeta de visita, llevan dentro un 520 ST con un programa en el cartucho ROM que sobrepasa al TOS, y conectados a una pequeña impresora laser con dispositivo cortador.
Las ampliaciones de memoria son la pesadilla de estos equipos. Excepto por los STFM en que 520 y 1040 comparten placa base (las 520 con medio mega menos soldado a la placa), cada modelo tiene una placa diferente y se debe recurrir a placas hijas que se conectan al shifter. Igualmente, los emuladores PC requieren de complicados montajes en los modelos iniciales. esto es debido al diseño todo-en-uno (solo los Mega - gama profesional- disponen de slots de ampliación).
Atari cae en el error de utilizar discos duros propietarios (el conector de Disco Duro se usa para conectar impresoras laser de mitad de coste del resto del mercado) siendo en muchos casos dispositivos SCSI con placas adaptadoras (como el Megafile 44, que es un Sysquest 44 con adaptador), lo que encarece la ampliación del equipo y acaba acortando su vida. Inexplicablemente, sigue con sostenella y no enmendalla en los modelos posteriores, y no rectifica hasta el Falcon.
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