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La WonderSwan Color se lanza para competir con la Gameboy Advance de Nintendo, que aparece 3 meses después, como sustituto de la WonderSwan Con sólo una pila AA y 20 horas de duración casi duplica la de la GBA. Su tamaño, parecido al de la Gameboy Advance pero menos de un tercio de grueso de media, excepto en la zona de la pila. Su pantalla presenta un scroll suave sin efectos de pixelado. Y algo que sólo la Atari Lynx presentaba: permite jugar en horizontal o en vertical.
Su creador, Gumpei Yokoi, tras dejar Nintendo, crea Koto Labs y la Wonderswan es uno de sus proyectos iniciales, pero no vive lo suficiente para verlo finalizar. Se le rinde homenaje en el juego Gunpey, un juego de puzzle que se juega en modo vertical. El sistema se licencia a Square, lo que le asegura juegos Digimon y Gundam dado que la casa madre es Ban Dai. Esa tendencia continua y muchas series de Manga tienen juegos en el sistema, como los Final Fantasy o OnePiece.
Ban Dai se empeña en no vender esta consola fuera de Japón (en los manuales se prohíbe expresamente) por lo que todo son importaciones paralelas.
Mediante un accesorio puede ser conectada a máquinas Digimon, y mediante otro a la Sony PocketStation, intercambiando partidas, personajes, etc.
Una novedad es el Wonderborg. Es un pequeño robot con forma de insecto (hay 4 variantes) que puede ser controlado por la WonderSwan y el cartucho Wonderborg. El robot es capaz de tomar decisiones propias y dispone de 7 sensores. Es una novedad similar al R.O.B. para la Nintendo Entertainment System
Otra es el incremento de la velocidad de proceso de la VRAM/WRAM de 128 kbits a 512 kbits, permitiendo un soft más complejo.
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